Samurai Journal of Chemistry

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AmberTools 20 for Linux Ubuntu

AmberTools20のインストール

Linux初心者の筆者には非常に難しかったので、備忘録も兼ねて記事にしておきます。

1. Parallelsを用いたUbuntu 20.04のインストール
2. Parallels Tools
のテキストモードでのインストール

3. AmberTools 20のインストール

 

1. Parallelsを用いたLinux Ubuntu 20.04のインストール

まず、下図のコントロールセンターの右上のプラスをクリックします。

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Parallels Control Center

様々なOSの追加方法オプションが表示され、通常Windows 10を入れる時などはGet Windows from Microsoftインストーラーディスク(USBなど)を使ってインストールすると思います。

その下にオレンジ色のDownload Ubuntu Linuxというアイコンがあるのでこれをクリックすれば簡単に導入することができます。インストラクションに従っていけば特に難しい事はありません。わからないところはすべてデフォルト設定で大丈夫でしょう。

以前までUbuntu18.04を使っていたので、アップデートする形でUbuntu20.04をインストールします。

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Install OS on Mac using Parallels

 

完了すると、Parallelsというユーザー名でUbuntuが利用可能になります。

 

通常通り、OSのインストール直後に自動で始まるParallels Toolsのインストールを進めてください。

 

この記事を書き始めたのは実はUbuntu18.04を入れた直後でLinux超初心者の段階だったので、初心者向けにインストラクションを書いていますので、以下参考にしてください。

_____________________________________

私の様にLinux初めてでどこに何があるか全くわからない人向けに初歩的なことを書きます。

Mac上のファイルにもアクセスできるため、mac/home/ディレクトリには初めから色々入っています。LinuxのComputerディレクトリはFiles(windowsでいうExplorer, macでいうFinde r)の左下にある+マークがついているOther Locationsの中にあります。この中にあるhomeディレクトリの中のParallelsというディレクトリ がmacのhomeディレクトリとなっています。

そしてもう一つ、これからTerminalを使ってAmberToolsをインストールするので、Terminalを見つけないといけません。これは画面一番左下のBCG注射の痕の様な9つの点のマークをクリックして下に移動すれば見つかります。

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Ubuntu 18.04のデスクトップイメージ

 

2. Parallels Toolsのテキストモードでのインストール

(最新の環境Ubuntu20.04, Amber20では必要ないです。飛ばして3に進んでください。)

Linuxのデスクトップで[control^+alt+F3]を押すと黒バックに白文字のCUIモードになります。(他の記事ではF1だとかF2だとか書いてあるので、F1~F6のどれかを試してみてください。私の場合、F1,F2がGUI, F3~F6がCUIでした。)

ユーザー名: parallels(変更していなければ)

パスワード: Ubuntu用のパスワード

を入力してログインします。

カーソルを上に持っていき、ActionsのInstall Parallels Toolsを選びます(私のはインストールしてあるのでReinstall Parallels Toolsになっています。)

少し待つとActions→一番したのConfigureを表示すると、Hardware→CD/DVDの中にソース prl-tools-lin.isoまれている状態になります。これが確認できたら次に移ります。

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Parallels Toolのテキストモードでのインストール

まず下記のどちらかを使ってroot権限を取得します。(私の場合suはうまくいかなかったです。)

$ su
$ sudo -i

 

次はディスクのマウントです。

上部のアップルマークがあるメニュー

上部のメニューの中のリボンの中の”処理”→”parallels toolsの(再)インストール”を選びます。すると、prl-tools-lin.isoイメージファイルがCD/DVDドライブに接続されます。

このディスクイメージをマウントします。

mount -o exec dev/cdrom/ mnt/cdrom/

CD/DVDドライブに接続されたインストールメディアをmnt/cdrom/ディレクトリにマウントせよという意味だと思います。

そしてmnt/cdrom/ディレクトリ内に移動します。

 

$ ./install

Parallels Toolsのインストールがこれで完了します(root権限が必須)。

 

cdコマンドの基礎

cd+改行: homeディレクトリに移動

cd /directory_name/改行: 現在いるディレクトリ内にある(directory_name)のディレクトリに移動

cd ../改行: 一つ上の階層のディレクトリに移動

ls+改行: 現在いるディレクトリ内にあるフォルダリストを表示。

初心者的にはまずこれを抑えておいて、ディレクトリの移動ができるようになりましょう。 

 

3. AmberTools 20のインストール

AmberToolsをインストールするフォルダはLinuxのrootディレクトリとします。

AmberのダウンロードページよりAmberTools20.tar.bz2をダウンロードし、/root/ディレクトリの中にAmberというフォルダを作成してこの中にコピーしておきます。

あとは、基本的に公式ページのインストラクションに従うのみです。

(詳細なインストールマニュアルはこちら

 

まず、AmberToolsをコンパイルするのに必要なパッケージを以下のコマンドによりインストールします。

apt -y update
apt -y install tcsh make \
               gcc gfortran \
               flex bison patch \
               bc xorg-dev libbz2-dev wget

 

Minicondaのインストール 

こちらからPythonなどの導入を担うMinicondaというもののインストーラーをダウンロードします。ダウンロードした

su
#続いてパスワードを入力、root権限を付与
#ダウンロードした.shファイルをTerminalにクリック&ドロップ→Enter
#インストラクションに従って操作。終了後に一度Terminalを再起動。

 

インストールメディアの解凍
cd home/parallels/
tar xvfj AmberTools20.tar.bz2

 

AmberTools20.tar.bz2を Linuxのhome/parallelsディレクトリにインストールします。20の部分は毎年アップデートにより更新されて、21年には21, 22年には22になるはず。homeの中であればお好みでどこでも良いですが、他にもoptディレクトリなどで展開しても良い?公式はhomeディレクトリで展開しているので従います)。

cmakeでAmberTools20をインストール

何やら、AmberTools20からはcmakeなるものを使ってインストールするそう。

cd home/parallels/amber20_src/build
./run_cmake
make install

 

結局、この操作をUbuntu18.04でいくらやっていても前例がネットに報告されていないエラーが出るので、プロでもない筆者はとりあえずインストールを諦めました。

新しいUbuntu20.04をクリーンインストールする形にして、上記の手順を踏んだら何事もなくインストールできました。

 

4. AmberToolsの使い方

を書こうと思ったんですが、長くなってしまったので次回に回すことにします。

それではまた。